O Gloriosíssimo São José também apareceu muitas vezes em Jacareí. As Suas Aparições junto com Nossa Senhora e Nosso Senhor Jesus Cristo geralmente são anunciadas de antemão com alguns dias de antecedência, embora hajam excessões.
São José aparece como um homem de mais ou menos 30 a 40 anos, olhos verdes, cabelos castanho-escuros curtos, barba pequena, mais ou menos 1,75 m de altura, porte sério e ao mesmo tempo sereno.
Vem trajando uma túnica bege ou às vezes branca. Flutua também numa nuvem que não toca o chão. Sua Voz produz uma grande Paz.
Em 1993, Ele apareceu para dar uma Mensagem especial que deveria ser revelada mais tarde, o que ocorreu em julho do ano seguinte, em 1994, por meio de São Miguel Arcanjo. Também em 1994 Ele apareceu particularmente a Marcos na Capela do Santíssimo da Igreja Matriz da Imaculada Conceição em Jacareí, onde abraçou-o e conversou com ele por quase meia-hora.
Em 1995, São José voltou com Nossa Senhora e Nosso Senhor nas comemorações do Quarto Aniversário da Primeira Aparição em 7 de fevereiro. Posteriormente em 1998, nova Aparição de São José junto com Nossa Senhora e o Anjo da Paz, desta vez, em 12 de fevereiro, aniversário de Marcos, quando lhe deu uma Benção e uma Mensagem, e ainda deixando-Se ver pelas pessoas presentes com Nossa Senhora e o Anjo da Paz, refletidos nos olhos de Marcos.
Em 1999, Ele veio com Nossa Senhora e Nosso Senhor mais uma vez em 7 de setembro e 22 de setembro, para abençoar uma Fonte de Água que já corria no Santuário, do lado oposto da Fonte de Nossa Senhora.
Em 2000, apareceu sobre a Fonte de Nossa Senhora acompanhado de Seu Divino Filho Adotivo e de Sua Castíssima Esposa, novamente no dia 12 de fevereiro, quando Marcos completava 23 anos.

As Aparições de São José revelam algo novo na história das Aparições celestes: a devoção ao Seu Amantíssimo Coração... ou seja, aquele Coração que bateu em Seu Peito Castíssimo e que segundo as palavras Dele mesmo, ainda está intacto em Seu Santíssimo Corpo incorrupto, em algum lugar da terra, esperando o Dia Final, quando Ele ressurgirá Glorioso para tomar parte ao lado de Seu Adotivo Filho e de Sua Santíssima Esposa na Glória.
Esta Veneração na terra já antevê aquela que nós Lhe faremos pessoalmente um dia na Glória Eterna, se nos conseguirmos salvar. Esta tríplice devoção ao Sagrado Coração de Jesus pedida à Santa Margarida Maria, ao Imaculado Coração de Maria pedida em Fátima e ao Amantíssimo Coração de São José, pedida em Jacareí a Marcos Tadeu, constituem o elemento chave da Mensagem destes últimos tempos: Amor, Reparação e Comunhão com estes Corações que não são amados e nem correspondidos pela humanidade ingrata. Esta reparação consiste em fugir do pecado, buscar a santidade e viver as Mensagens.

Com esta nova revelação estrondosa, completa-se a Tríplice Aliança dos Corações Unidos de Jesus, Maria e José. Sim, mais tarde, em uma Mensagem, Nosso Senhor Jesus Cristo mandaria dizer à humanidade e à Igreja, expressão esta usada por ELE mesmo, "é Meu Desejo que se coloque o Amantíssimo Coração do Meu Adotivo Pai São José, ao lado do Meu Sagrado Coração e do Imaculado Coração de Minha Santíssima Mãe."

Alguns trechos de uma das Mensagens de São José: "- AMO-os com um AMOR de Pai!... Protejo a Santa Igreja, as famílias e a todos vocês, como um Pai a seus filhos. Por isso, filhinhos, postos sob a Minha Proteção pelo Senhor, escutem o que lhes digo ao lado da Minha Bem-Aventurada Esposa, a sempre Virgem Maria, e de Nosso Senhor Jesus Cristo, de quem fui Servo e Pai devotado na Terra...

O Senhor quer salvar esta grande Nação, mas... para salvá-la, somente uma grande 'torrente' de orações pode chegar ao Céu e mover a Mão do ETERNO PAI para salvar esta terra, que de outro modo, se não obedecer ao que a Minha Bem-Aventurada Esposa diz,(pausa) não terá salvação...

Filhinhos,(pausa) sejam bons! Não falem 'palavras desonestas'... Mudem suas almas e seus maus costumes...
Sejam 'bons',(pausa) muito 'bons'!... Sejam puros, muito puros!... Sejam humildes,(pausa) muito humildes!... Sejam justos, muito justos!... Sejam perfeitos, como o PAI do Céu é perfeito!...

Quando se sentirem confusos, retirem-se à parte(pausa) para rezar. No silêncio(pausa) e na oração, Eu virei para ajudá-los a escolher a 'coisa certa'... Quando perseguidos, levantem os olhares para Mim, e Eu haverei de consolá-los... Quando se sentirem desanimados, olhem para as Minhas Mãos, sempre estendidas para vocês, para derramar-lhes as Graças que o Senhor colocou debaixo do Meu Patrocínio...

Eu os ensinarei a AMAR o VERBO de DEUS!... Eu os ensinarei a conviver com ELE!... Eu os ensinarei a adorá-LO e a agradá-LO... Eu os ensinarei a AMAR, a servir, e a agradar(pausa) a Doce Mãe de todos...(pausa) Eu quero ser para todos vocês uma 'PONTE', que os leva aos DOIS Sagrados Corações...

O Imaculado Coração da Minha sempre e Doce Esposa Maria, é a 'Porta do Céu',(pausa) e a Devoção a Mim e ao Meu Coração, é a 'CHAVE' que abre esta 'Porta'!...(pausa) Invoquem-Me sempre assim:
- AMANTÍSSIMO CORAÇÃO DE SÃO JOSÉ, ROGAI POR NÓS!... e Eu virei, virei em socorro de todos vocês, da Igreja, do mundo, das almas!... Ao avistar a Minha LUZ, Satanás ficará cego, e não poderá mais lhes fazer mal algum...
Eu tenho a Missão de levar o Brasil ao maior TRIUNFO do Imaculado Coração da sempre Doce Virgem Maria!... Se Me invocarem em favor do Brasil, Eu os ajudarei... Hoje, neste dia, abençôo o Santo Padre, o Papa João Paulo II, que é Minha Figura na terra...(de protetor e Pai) Sim, porque Ele desposou a Igreja, como Eu desposei Maria, a Virgem Imaculada!... Sobre Ele derramo Minhas Graças, e O cubro com o Meu Sagrado Manto... e sobre todos vocês, derramo a Benção que Me concedeu a Santíssima Trindade... em Nome do PAI... do FILHO... e do ESPÍRITO SANTO..."